Molekylær Docking

30. December 2015

Molekylær Docking går ud på at gætte et proteins (receptor/enzym) aktive side, deraf navnet docking. (Lidt ligesom når et skib lægger til kaj), denne taktik er i øjeblikket succesfuld i ca. 5-7 % af tilfældende. Og der er mange der arbejder på at lave nye docking algoritmer, med en højere effektivitet, inklusiv undertegnede.

Den første docking algoritme gik ud på at man sagde okay så den her ligand har sådan en struktur, også prøvede man at gætte hvilke(n) residue(s) (amino syrer) der var ligandens binding domain, og derefter finde hydrogen bindings sider på binding domainet. og derefter prøvede man at forudsige hvor, og hvordan disse hydrogen bindings sider ville binde sig til en aktiv side på en receptor. 

En nyere variation af denne algoritme går i al sin enkelthed, og komplicerethed ud på at man tager liganden også regner man ud hvilken form proteinet skal have for at den binder sig, denne algoritme er langtfra perfekt men et skridt i den rigtige retning. 

Lad os tage et eksempel, hvis vi siger at liganden har et glutamat residue, og et aspartat residue der hvor man gætter at binding domainet er, så skal receptorens aktive side have en skelet længde på mindst 5 carbon atomer, og samtidig have mindst 2 hydrogen bindings donorer, og 2 hydrogen bindings acceptorer.  så ville den idelle molekylære docking side være glutamin og aspargin, fordi der er 1 hydrogen bindings doner side på  glutamin, og en hydrogen bindings acceptor side på samme molekyle og det samme på áspargin, og desuden så er der også et carbon skelet på i alt 5 carbon atomer, betydende at der også er ledige CH grupper til Wan Der Waals bindinger, (den svageste kemiske interaktion) 

Det er alt sammen meget svage kemiske interaktioner, både hydrogen bindinger og Wan Der Waalas interaktioner men ligesom i DNA, så er det mange bække små gør en stor Å princippet, altså det betyder i dette tilfælde at bare der er nok af disse bindinger så skal det nok holde. 

MENU
0-100 | 100-200 | 200-300 | 300-400 | 400-500 | 500-600 | 600-700 | 700-800 | 800-900 | 900-1000 | 1000-1100 | 1100-1200 | 1200-1300 | 1300-1400 | 1400-1500 | 1500-1600 | 1600-1700 | 1700-1800 | 1800-1900 | 1900-2000 | 2000-2100 | 2100-2200 | 2200-2300 | 2300-2400 | 2400-2500 | 2500-2600 | 2600-7200 | 2700-2800 |