Hvordan aflæser man et proteins struktur med røntgen krystallografi

30. December 2015

Her kan du se et resultat af en omgang røntgen krystallografi. det siger ikke så meget vel? Men hvis du kommer det igennem en computer så får du proteinets atomare opbygning ud. Og for at computeren kan gøre dette så skal den lige have en algoritme at arbejde med, og den algoritme kaldes for en for en Fourier transformation, og da der findes masser af fourier transformationer er der en helt specielt en som man bruger til at bestemme proteinets atomare opbygning.

og den ser således ud. F(s) = Int-rum p(r) * exp(2piIS * r)dr.

Hvor Int-rum står for at det er et integrale vi her har med at gøre og man integerer over størrelsen af det rum man har at gøre godt med, p er relateret til afbøjnings fasen, og resten er bare vinkler IS er relateret til mængden af prikker og r radius.

Faktisk selvom den ovenstående ligning slet ikke ser kompliceret ud så kan jeg love dig for at det tog flere uger at beregne proteiners struktur før opfindelsen af computeren.

Hver eneste lille prik reprænsenterer en elektron og derfor kan man bestemme et proteins kemiske struktur ud fra disse prikker, ved at indregne hvilke vinkler de er på, antallet af prikker og hvor mange prikker der er i et bestemt område.

Men der er mere der er værd at vide P.ga. noget der kaldes resonans stabilisering så har hver eneste nitrogen atom i proteinets peptid-bindings struktur et meget lille antal elektroner tæt på kernen dette ved forskerne og det tager de højde for i ovenstående beregning. 

Hvad pokker er resonans stabilisering så? det er faktisk bare en flytning af elektroner atomerne imellem, eks. Lad os sige at vi har et molekyle der ser således ud. O=C-C-F her ville det give mest mening at have elektronerne på flour da det er det mest elektronegative atom, så derfor flytter der et lone pair fra oxygen til flour, I.e. 2 elektroner som så flytter fra Oxygen til Flour over de 2 carbon atomer.

 

 

MENU
0-100 | 100-200 | 200-300 | 300-400 | 400-500 | 500-600 | 600-700 | 700-800 | 800-900 | 900-1000 | 1000-1100 | 1100-1200 | 1200-1300 | 1300-1400 | 1400-1500 | 1500-1600 | 1600-1700 | 1700-1800 | 1800-1900 | 1900-2000 | 2000-2100 | 2100-2200 | 2200-2300 | 2300-2400 | 2400-2500 | 2500-2600 | 2600-7200 | 2700-2800 |